Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Разработка протоколов количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени для быстрого обнаружения и дифференциации Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa и Xylella fastidiosa subsp. multiplex

Бриттани Пирс, Лиза Морано и Блейк Бекстайн

Xylella fastidiosa — грамотрицательная, ограниченная ксилемой, фитопатогенная бактерия, которая передается между хозяевами стекляннокрылым снайпером (Homalodisca vitripennis). Встречаются несколько подвидов X. fastidiosa, демонстрирующих некоторую степень специфичности к хозяину. X. fastidiosa subsp. fastidiosa является возбудителем болезни Пирса виноградной лозы. X. fastidiosa subsp. multiplex и X. fastidiosa subsp. sandyi обычно встречаются в Северной Америке, но не вызывают болезнь Пирса. Быстрая диагностика для определения наличия X. fastidiosa и дифференциации этих подвидов необходима для эффективного лечения и профилактики болезни Пирса. В этом исследовании сравнивались три метода различения подвидов X. fastidiosa с использованием количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени. Анализ кривой плавления SYBR ® green, Eva Green ® и Takara SYBR Green ® частичных ампликонов gyraseB, ампликонов гена zot1 и пяти ампликонов tonB был оценен на предмет согласованности и качества. Диагностические протоколы на основе гибридизационных зондов TaqMan ® и Molecular Beacon ® были разработаны с акцентом на мультиплексную вставку X. fastidiosa subsp. в ген zot1. Мы обнаружили, что диагностические протоколы на основе SYBR ® Green и TaqMan ® не обеспечивают необходимого разрешения для точной и согласованной дифференциации подвидов X. fastidiosa. Диагностические протоколы, разработанные нами с использованием зонда Molecular Beacon ®, позволяют проводить высокоспецифичную и надежную дифференциацию подвидов X. fastidiosa, даже в случаях, когда подвиды смешивались в растворе. Эти новые методы обеспечивают более надежный протокол, с помощью которого можно быстро идентифицировать подвид X. fastidiosa для целей лабораторного исследования и диагностики образцов.