Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Разработка молекулярного метода специфического обнаружения видов бегомовируса, вызывающих курчавость листьев томата на Филиппинах

Джереми Рой Аугустус I Гомес*

Томат является одной из важнейших овощных культур из-за своей экономической и пищевой ценности, но из-за болезни, вызванной Begomovirus , производство томатов снизилось за эти годы. Бегомовирусы, вызывающие желтую курчавость листьев томатов или курчавость листьев томатов, влияют на производство томатов во многих тропических и субтропических регионах мира. Ограниченное обнаружение этих вирусов растений сделало их столь сложными для обнаружения и контроля. Целью исследования является разработка молекулярного метода для специфического обнаружения ToLCPV и ToLCCeV. Это было сделано путем: 1) проверки того, могут ли опубликованные праймеры отжигаться с определенным видом Begomovirus , используя множественное выравнивание последовательностей, 2) разработки праймеров для специфического обнаружения ToLCPV или ToLCCeV и оптимизации с помощью ПЦР, 3) проверки разработанного праймера для специфического обнаружения ToLCPV и ToLCCeV с использованием полевых образцов, 4) идентификации паттерна RFLP с использованием полноразмерной геномной ДНК in silico . Опубликованные праймеры способны отжигаться со штаммами ToLCPV и видами ToLCCeV, ToLCMiV, и поэтому эти праймеры необходимо проверить в реальном эксперименте, чтобы определить их специфичность. Праймеры ToLCPV19 и ToLCCeV19 были разработаны для специфического обнаружения видов ToLCPV и ToLCCeV соответственно, а ПЦР была оптимизирована для различных температур отжига: 53℃, 55℃ и 57℃. Ампликоны размером ~ 200 п.н. наблюдались на образцах томатов, инфицированных ToLCPV, а также на образцах томатов, инфицированных ToLCCeV, при использовании праймеров ToLCPV19 и ToLCCeV19. Кроме того, не было никакой разницы в размере полосы и интенсивности полос при различных температурах отжига. Проверка разработанных праймеров была проведена, но только для нескольких выбранных образцов томатов, и поэтому необходимо провести дополнительную проверку, чтобы определить специфичность разработанных праймеров. Анализ RFLP показал, что рестриктаза EcoRI способна различать ToLCPV, ToLCCeV и ToLCMiV, поскольку она продуцирует разное количество полос для каждого вида Бегомовируса .