Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Разработка и применение метода петлевой изотермической амплификации для быстрого обнаружения Fusarium Oxysporum f. Sp. lycopersici

Мохаммад Амин Алмаси, Сейед Мохаммад Хоссейни Дехабади, Абубакр Моради, Захра Эфтехари, Мехди Агапур Оджагканди и Саид Агаи

Надежный и быстрый протокол обнаружения патогена, впервые использующий колориметрическую петлевую изотермическую амплификацию (LAMP), был разработан для обнаружения Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici. В этой связи все шесть праймеров LAMP (то есть F3, B3, FIP, BIP, LF и LB) вместе с праймерами ПЦР (F и R) были разработаны на основе гена рибосомальной РНК 28s (номер доступа GenBank: HM057281.1) генома грибка. Несмотря на то, что анализы ПЦР и LAMP могли успешно обнаруживать положительные инфицированные образцы, учитывая время, безопасность, стоимость и простоту, последний был в целом лучше. Кроме того, результаты показали, что анализ LAMP был в 100 раз чувствительнее и в 4 раза быстрее по сравнению с ПЦР. Интересно, что реакция LAMP могла успешно обнаруживать Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici без очистки ДНК (прямой LAMP). Между тем, среди шести визуальных красителей, используемых для обнаружения продуктов LAMP, гидроксинафтоловый синий, GeneFinderTM и SYBR Green I могли бы производить длительное стабильное изменение цвета и яркости в тесном подходе на основе пробирки, чтобы предотвратить риск перекрестного заражения. В целом, поскольку LAMP чувствителен, экономически эффективен, довольно удобен для пользователя, а также может давать более точные результаты, чем предыдущие диагностические процедуры, такие как серологические методы, ПЦР и другие молекулярные методы, мы соответственно предлагаем этот колориметрический анализ в качестве высоконадежной альтернативной системы распознавания грибов в отношении распознавания Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici и, вероятно, других заболеваний, вызванных грибами.