Кваси Адусей-Фосу и Мэтью Дикинсон
Fusarium oxysporum f. sp. elaeidis (FOE) патоген, вызывающий фузариозное увядание у масличной пальмы, можно обнаружить с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), но это занимает очень много времени. Петлевая изотермическая амплификация (LAMP) использовалась для быстрого обнаружения Fusarium oxysporum f. sp. elaeidis (FOE) в саженцах масличной пальмы. Восемь дополнительных изолятов Fusarium oxysporum, собранных с симптоматических масличных пальм (т. е. предполагаемых FOE, поскольку их патогенность не была подтверждена), и пять других не-FOE изолятов были отобраны с симптоматических зрелых масличных пальм и томатов соответственно для расширения области исследования. Идентичность FOE, предполагаемых FOE и не-FOE была установлена с помощью секвенирования. Праймеры LAMP, разработанные для обнаружения FOE или предполагаемых FOE, были основаны на частичных последовательностях секретируемого в ксилеме (SIX8) и цитохрома P-450. Самое раннее время обнаружения для праймеров цитохрома SIX8 и P-450 составило 4:00 мин и 6:45 мин соответственно, оба регистрировали позднее время обнаружения в 26:30 мин. Кривые производных отжига использовались для оценки уровня специфичности как для цитохрома SIX8, так и для цитохрома P-450, но ни один из праймеров LAMP не мог различить FOE, предполагаемый-FOE и не-FOE.