Х. Цзэн, Х. Г. Вейер, Дж. Кван, М. Ван и Б. О'Брайен
Зонды, которые позволяют точно разграничивать хромосомно-специфические последовательности ДНК в интерфазных или метафазных клеточных ядрах, стали важными клиническими инструментами, которые предоставляют жизненно важную информацию о поле или хромосомном составе продукта зачатия или вероятности имплантации эмбриона, а также определение генетических сигнатур, специфичных для опухолей. Часто такие высокоспецифичные ДНК-зонды являются запатентованными по своей природе и являются результатом обширных процедур отбора и оптимизации зондов. Мы описываем новый подход, который устраняет дорогостоящий и трудоемкий отбор и тестирование зондов, применяя интеллектуальный анализ данных и общие инструменты биоинформатики. Подобно процессу рационального проектирования лекарств, в котором взаимодействия лекарств и белков моделируются на компьютере, описанный здесь рациональный дизайн зонда использует набор критериев и общедоступное биоинформатическое программное обеспечение для выбора желаемых молекул зонда из библиотек, состоящих из сотен тысяч молекул зонда. Примеры описывают выбор ДНК-зондов для человеческих X и Y хромосом, оба с беспрецедентной производительностью, но аналогичным образом этот подход может быть применен к другим хромосомам или видам.