Глобальный журнал биологии, сельского хозяйства и медицинских наук

Абстрактный

Конструирование miRNA и профилей экспрессии генов, связанных с ишемической кардиомиопатией: биоинформатический анализ

Фонг Сон Динь, Джун-Хуа Пэн, Чауми Тхань Тран, Тхань Лоан Тран, Шан-Линг Пан

Цель: Ишемическая кардиомиопатия (ИКМ) заняла место самой распространенной причины заболеваемости и смертности у пожилых людей за последние десятилетия. Одной из важнейших причин этого является то, что ее точный базовый механизм остается плохо изученным.

Метод: Из базы данных GEO было загружено пять наборов данных. Дифференциальная экспрессия генов (DGE) была идентифицирована пакетом R RobustRankAggreg. Дифференциальная экспрессия miRNA была оценена пакетом Limma. Затем функции генного потенциала были определены базой данных clusterProfiler. Регуляторная сеть miRNA-DGE была предсказана с помощью cyTargetLinker. Затем была построена сеть белок-белкового взаимодействия с помощью инструментов STRING, MCODE и BiNGO.

Результаты: идентифицировано 91 miRNA и 274 потенциальных гена. Из них COL1A1, IGF1 и CCND1, как было обнаружено, вовлечены во многие сигнальные пути; а miR-9-5p, как было обнаружено, играет критически важную роль в ICM.

Заключение: Наше исследование выявило потенциально ключевые гены и микроРНК, а также возможный молекулярный патогенез ВКМП, что является важным шагом, ведущим к новому направлению раннего вмешательства при этом заболевании.

Цель: Ишемическая кардиомиопатия (ИКМ) заняла место самой распространенной причины заболеваемости и смертности у пожилых людей за последние десятилетия. Одной из важнейших причин этого является то, что ее точный базовый механизм остается плохо изученным.

Метод: Из базы данных GEO было загружено пять наборов данных. Дифференциальная экспрессия генов (DGE) была идентифицирована пакетом R RobustRankAggreg. Дифференциальная экспрессия miRNA была оценена пакетом Limma. Затем функции генного потенциала были определены базой данных clusterProfiler. Регуляторная сеть miRNA-DGE была предсказана с помощью cyTargetLinker. Затем была построена сеть белок-белкового взаимодействия с помощью инструментов STRING, MCODE и BiNGO.

Результаты: идентифицировано 91 miRNA и 274 потенциальных гена. Из них COL1A1, IGF1 и CCND1, как было обнаружено, вовлечены во многие сигнальные пути; а miR-9-5p, как было обнаружено, играет критически важную роль в ICM.

Заключение: Наше исследование выявило потенциально ключевые гены и микроРНК, а также возможный молекулярный патогенез ВКМП, что является важным шагом, ведущим к новому направлению раннего вмешательства при этом заболевании.