Фармацевтика Аналитика Акта

Абстрактный

Конформационное исследование нейропептида феромонотропина с использованием ЯМР и молекулярной динамики

Дип Бхаттачарья, Нитин Мишра, Эванс Коутиньо, Судха Шривастава, Рагувир Р.С. Писсурленкар и Муштак Шейх

Феромонотропный нейропептид, феромонотропин Pseudaletia, представляет собой пептид из 18 аминокислот с последовательностью Lys-Leu-Ser-Tyr-Asp-Asp-Lys-Val-Phe-Glu-Asn-Val-Glu-Phe-Thr-Pro-Arg-Leu, который широко распространен у самок моли Bombyx mori. Этот пептид структурно связан с лейкопирокинином, миотропным нейропептидом насекомых, ответственным за меланизацию и активность гормона красноватой окраски (MRCH). Для изучения конформационного поведения в воде, которая использовалась в качестве растворителя, использовались комбинированные методы ЯМР и молекулярной динамики (МД). Структура была исследована с помощью экспериментов 1D-ЯМР и 2D-ЯМР (COSY, TOCSY и ROESY). Конформация была построена с помощью ограниченных MD-симуляций с использованием дистанционных и двугранных ограничений из данных ЯМР в пакете моделирования GROMACS. Пептид преимущественно принимает структуру β-слоя в воде.