Журнал биомолекулярных исследований и терапии

Абстрактный

Конформационные исследования [ 11 Ψ 12 (CN 4 )]ScyII и [ 15 Ψ 16 (CN 4 )]ScyII – двух аналогов сцилиоринина II с помощью 2D ЯМР-спектроскопии и теоретических методов

Кшиштоф Бжозовский, Эмилия Сикорска, Ханна Мечниковска, Катажина Конецко, Рафа Ошлюсарж, Иоланта Кумирска, Витольд Мозга, Яцек Ольчак, Януш Заброцкий, Сильвия Родзевич-Мотовидо и Збигнев Качиньский

Конформационный анализ двух аналогов сцилиоринина II [11Ψ12(CN4])]ScyII и [15Ψ16(CN4)]ScyII был выполнен в ДМСО-d6. Были применены методы 2D ЯМР и ограниченная молекулярная динамика. Наши предыдущие исследования показали, что сцилиоринин II принимает три цис-пептидные связи в растворе ДМСО-d6. Более того, в его двух аналогах [Aib16] ScyII и [Sar16]ScyII мы также обнаружили геометрию цис-пептидных связей. Принимая во внимание вышеизложенное, мы решили провести обширные конформационные исследования ограниченных аналогов ScyII. Для этого мы ввели тетразольные группы в любой из изученных пептидов. Эти пептиды были синтезированы твердофазным методом с использованием химии Fmoc. В случае двух аналогов были зарегистрированы следующие спектры: TOCSY, NOESY, ROESY, DQF-COSY и набор температурных. Для получения окончательных структур мы провели моделирование ограниченной молекулярной динамики, проведенное с использованием силового поля CHARMM, как реализовано в программе XPLOR 3.11. Наши расчеты привели к двум ансамблям по 10 конформаций каждый. Сравнивая полученные структуры, мы обнаружили, что введение 1,5-замещенного тетразольного кольца влияет на трехмерную структуру как локально, так и глобально.