Биоэнергетика: открытый доступ

Абстрактный

Вычислительные данные о конкурентном ингибировании ацетил-кофермента А и сукцинил-кофермента А на первом этапе цикла лимонной кислоты

Салам Прадип Сингх и Болин Кумар Конвар

Цикл лимонной кислоты включает в себя различные химические реакции, и он необходим всем аэробным организмам для генерации АТФ. Настоящее исследование фокусируется на конкурентном ингибировании цитратсинтазы - первом этапе цикла лимонной кислоты. Известным природным субстратом цитратсинтазы является ацетилкофермент А. Первоначально первый субстрат оксалоацетат связывается с цитратсинтазой, что затем побуждает фермент изменять свою конформацию, тем самым создавая сайт связывания для ацетилкофермента А. Также имеется несколько сообщений о ферменте цитратсинтазы, ингибируемом сукцинилкоферментом А, который напоминает ацетилкофермент А и действует как конкурентный ингибитор. Таким образом, настоящее исследование касается исследований моделирования молекулярной стыковки двух субстратов, а именно ацетилкофермента А и сукцинилкофермента А в активном центре цитратсинтазы, чтобы понять суть конкурентного ингибирования этих двух субстратов. Наконец, мы также
провели анализ теории функционала плотности (DFT) ацетил-Коэнзима А и сукцинил-Коэнзима А, чтобы понять атомный заряд, который может способствовать конкурентному ингибированию. Молекулярные оценки стыковки и энергия взаимодействия выявили, что ацетил-Коэнзим А демонстрирует конкурентное ингибирование с сукцинил-Коэнзимом А с благоприятной энергией. Также исследования DFT выявили вероятную причину конкурентного
ингибирования на атомном уровне.