Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Компьютерная идентификация, характеристика и анализ консервативных микроРНК и их мишеней в Amborella Trichopoda

Хаджиеграри Б., Фаррохи Н., Голиаи Б. и Кавуси К.

МикроРНК (миРНК) — это одноцепочечные некодирующие эндогенные малые РНК длиной около 22 нуклеотидов, которые напрямую участвуют в регуляции экспрессии генов на посттранскрипционном уровне. микроРНК играют ключевую роль в развитии и реагировании на биотические и абиотические стрессы. Поиск гомологии позволяет идентифицировать новые микроРНК из-за их относительно высокой консервативности у видов растений. Здесь микроРНК были идентифицированы для Amborella trichopoda. Известные и уникальные растительные микроРНК из miRBase были исследованы с помощью BLAST по отношению к Expressed Sequence Tag (EST) и Genomic Survey Sequence (GSS) у A. trichopoda. Все кандидатные последовательности с соответствующей структурой fold back были проверены с помощью ряда критериев фильтрации микроРНК. Наконец, мы идентифицировали и проанализировали консервацию 5 потенциальных консервативных микроРНК, принадлежащих 5 семействам генов микроРНК из EST, а также 82 недавно идентифицированных 39 семейств микроРНК, зависящих от микроРНК, из GSS. Потенциальные целевые гены идентифицированных miRNA были идентифицированы на основе их последовательностей комплементарности соответствующим miRNA с использованием psRNATarget против назначения каркаса последовательностей генома A. trichopoda. Всего было идентифицировано 1219 целевых сайтов в геноме A. trichopoda. Из которых 941 (77,19%), как предполагалось, были объектом расщепления miRNA, а 278 (22,81%) каркасов регулировались посредством трансляционной репрессии мРНК. Из предсказанных miRNA 18 не имели целевой последовательности в A.trichopoda.