Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Вычислительный подход к идентификации главного комплекса гистосовместимости, связывающего антигенные пептиды из «аскаридоза»

Мишра С и Гомасе VS

Ascaris lumbricoides вызывает «аскаридоз» у человека, и его устранение является главной общественной проблемой. В этом текущем исследовании мы предсказали связывающие пептиды класса I и II MHC (главный комплекс гистосовместимости) с помощью вычислительного подхода, такого как алгоритмы PSSM (матрицы оценки положения) и SVM (машина опорных векторов). Мы предсказываем, что связывающие пептиды белка цитохрома b (митохондрии) из последовательности Ascaris lumbricoide с молекулами MHC-I являются 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db. Также исследование объединяет прогнозирование связывания пептида MHC класса I; протеасомного C-концевого расщепления и эффективности транспорта TAP с использованием последовательности и свойств аминокислот. Мы также обнаружили связывание пептидов с различными аллелями с помощью матрицы оценки положения. Цитохром B из Ascaris lumbricoides (365 остатков в длину) с 357 нонамерами, имеющими антигенные связывающие пептиды MHC. Сервер на основе PSSM предскажет связывающие пептиды из последовательности в молекулы MHCII, такие как I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7, которые являются антигенными эпитопами в области цитохрома B из Ascaris lumbricoides. Это исследование может быть полезным для рационального дизайна вакцин и одновременно для повышения понимания роли иммунной системы в борьбе с антигенными.