Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Вычислительный анализ филогенетического дерева на основе расстояний и признаков для капсидных белков вируса герпеса человека

Випан Кумар Сохпал, Апурба Дей и Амарпал Сингх

Молекулярная филогенетика является фундаментальным аспектом эволюционного анализа и зависит от методов, основанных на расстоянии и признаках. В этой статье мы сравниваем вирусные капсидные белки HHV для анализа взаимосвязи между белками с использованием моделей замещения, филогенетической модели с исчерпывающим поиском и методов ME. Также анализируется эффект коррекции Пуассона с параметром формы на деревьях NJ и UPGMA. Мы показываем с помощью обширного компьютерного моделирования, что филогенетическое дерево является отражением расстояния замещения. Также обсуждается эффект метода ветвей и границ max-mini и эвристической модели minimini и логарифмического правдоподобия, связанного с деревом, основанным на признаках. Мы применили ML и MP для идеального анализа взаимосвязи белков. Мы приходим к выводу, что модели замещения, параметр формы, уровень поиска и SBL играют решающую роль в реконструкции филогенетического дерева. Исследование молекулярных часов показывает, что значение χ2 выше в близкородственных белках, чем в отдаленных.