Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Сравнение различных методов выделения бактериальной ДНК из тканей устриц, продаваемых в розницу

Цянь Чжан, Мин Дай, Яньхун Лю, Минь Чжоу, Сяньмин Ши и Дапэн Ван

Устрицы являются фильтраторами, которые биоаккумулируют бактерии в воде во время питания. Для оценки бактериальной геномной ДНК, выделенной из тканей устриц, включая жабры и пищеварительные железы, использовались четыре метода изоляции. Выделение геномной ДНК проводилось с использованием набора Allmag™ Blood Genomic DNA (Allrun, Шанхай, Китай), наборов MiniBEST Bacterial Genomic DNA Extraction (Takara, Далянь, Китай) и методов фенол-хлороформного и кипячения. Концентрацию геномной ДНК измеряли с помощью спектрофотометра. Чистоту геномной ДНК оценивали с помощью ПЦР-амплификации 16S рДНК с последующим определением эффективности клонирования ампликона в вектор pMD19-T. Кроме того, качество бактериальной ДНК также оценивали с помощью ПЦР-анализов с использованием пары видоспецифичных праймеров для Vibrio parahaemolyticus. Наши результаты показали, что два коммерческих набора обеспечивали самую высокую чистоту ДНК, но с самым низким выходом. Метод фенол-хлороформа дал самый высокий выход, хотя он был трудоемким. Метод лизиса кипячением был простым и экономически эффективным; однако он был пригоден только для выделения геномной ДНК из бактерий, присутствующих в розничных образцах после этапа обогащения. Два коммерческих набора были хорошими кандидатами для извлечения геномной ДНК из розничных тканей устриц без обогащения.