Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Сравнительный геномный анализ АДФ-рибоза-1′′-монофосфатазы в 19 экотипах Arabidopsis thaliana

Хуэйфан Цзян, Хайчао Вэй, Чуньюнь Цзян, Вэй Сунь, Вэнь Дун, Нини Чен, Хуэй Чжан, Яньсю Чжао и Цзэнлань Ван

АДФ-рибоза-1′′-монофосфатаза, содержащая домен A1pp или MACRO, является важным ферментом обработки в клетках, участвующим в сплайсинге процедур т-РНК и катализирующим АДФ-рибоза-1′′-монофосфат в АДФ-рибозу. Мы идентифицировали два гена, AT1G69340 и AT2G40600, в Arabidopsis thaliana и обнаружили, что, хотя было много различий в аминокислотах, пространственная структура консервативной области была схожей. Мы также проанализировали разницу в последовательности промотора, кодирующей области и нетранслируемой области, используя данные из всего генома 19 экотипов, и сравнили экспрессию обоих генов в разных тканях в Col-0 и в сеянцах в 19 экотипах на основе базы данных AtGenExpress и данных РНК-секвенирования соответственно. Мы обнаружили, что один и тот же ген имел разные паттерны экспрессии в некоторых экотипах, и два гена имели схожие паттерны экспрессии, за исключением цветочных органов и семян, согласно данным Col-0. Эти результаты подразумевают, что регуляторные механизмы экспрессии этих генов изменились в этих экотипах из-за разнообразия факторов транскрипции и сайтов связывания факторов транскрипции. Прежде всего, наше исследование предоставит некоторую информацию для описания функции гена и кандидатов на экотипы, используемых для изучения функции генов.