Комоэ Коффи Донатьен Бени, Аджеи Дадье, Дэвид Кулибали Н'Голо, Натали Гессен, Соланж АКА, Коффи Марселлен ДЖЕ и Мирей Доссо
P. aeruginosa может быть вовлечена в отравление пищи. Она высокопатогенна для лиц с ослабленным иммунитетом или ослабленных, вызывая высокий уровень заболеваемости и смертности. Целью данного исследования было определение филогенетического маркера, подходящего для молекулярной идентификации Pseudomonas aeruginosa. Чистота и концентрация нуклеиновых кислот определялись спектрофотометрией. Чувствительность реакций с использованием филогенетических маркеров (16S RNAr, recA, rpoB, STS1) и пороговое обнаружение 42 штаммов оценивались с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). При среднем поглощении при 230 нм 2,1 экстракты ДНК имеют среднее соотношение (A260/A280) 1,7. Порог обнаружения эталонного штамма Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 составил 0,8 мкг/мл для rpoB и 7,6 мкг/мл для каждого из маркеров 16S RNAr и recA. Порог обнаружения положительных контрольных штаммов CP2: 1125A и CP3: API составил 1,2 мкг/мл и 0,1 мкг/мл для использования гена rpoB соответственно. Этот порог составил 12,3 мкг/мл и 0,9 мкг/мл для гена recA соответственно. Чувствительность гена домашнего хозяйства rpoB составила 97,4%, за ним следовали recA и 16S RNAr с 87,2% и 82,1% соответственно. Филогенетическое разрешение генов rpoB было выше, чем у генов 16S rRNA и recA. Реакции чувствительности с маркером ITS1 не наблюдалось. Качество, чистота нуклеиновых кислот и выбор филогенетического маркера являются одними из важнейших факторов для ПЦР-анализа.