Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Анализ сообщества бактерий, окисляющих аммиак, с помощью молекулярной генетики в активированном иле очистных сооружений

Депутат Шах

Мы исследовали сообщества бактерий, окисляющих аммиак (AOB), в активированном иле с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) с последующим полиморфизмом длины терминальных рестрикционных фрагментов (T-RFLP), клонированием и секвенированием альфа-субъединицы гена монооксигеназы аммиака (amoA). В этом исследовании методы специфической амплификации фрагментов рДНК окислителя аммиака 16S с помощью ПЦР, разделения смешанных образцов ПЦР с помощью денатурирующего градиентного гель-электрофореза (DGGE) и идентификации полос с помощью специфической гибридизации с олигонуклеотидными зондами были объединены для того, чтобы можно было сравнить состав сообщества нескольких образцов в пространстве и времени. Интересующие полосы DGGE также были вырезаны для выделения ДНК, повторной амплификации, определения последовательности и филогенетического анализа. Мы сравнили ежемесячные образцы, полученные от возникающего макрофита Glyceria maxima, чтобы определить сезонные эффекты, которые корни растений и доступность кислорода могут оказывать на популяции аммиачных окислителей β-подгруппы. Аналогичным образом сравнивались пять образцов почвы или отложений, различающихся по доступности кислорода, из разных мест. Хотя присутствие двух ранее определенных кластеров последовательностей Nitrosospira можно было дифференциально обнаружить в исследованных образцах, не было никаких доказательств для определенной группы, которая была бы специфична для периодически бескислородных сред.