Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Колориметрический иммуноферментный анализ с обратной транскрипционной петлевой изотермической амплификацией для быстрого обнаружения вируса картофеля Y

Мохаммад Амин Алмаси и Сейедмохаммад Хоссейни Дехабади

Анализ изотермической амплификации с петлевой фиксацией (LAMP) — это новый метод амплификации ДНК при постоянной температуре с высокой специфичностью, чувствительностью, скоростью и эффективностью. Чтобы сократить время, необходимое для некоторых диагностических анализов, включая ПЦР с обратной транскрипцией (RT-PCR), изотермическую амплификацию с петлевой фиксацией с обратной транскрипцией (RT-LAMP), а также DAS-ELISA, до минимального уровня, были использованы и оптимизированы инновационные колориметрические протоколы IC-RT-LAMP и IC-RT-PCR на основе генома вируса картофеля Y (PVY). Во-первых, был проведен анализ DAS-ELISA для обнаружения вируса в коллекции, содержащей 95 подозрительных образцов. Наконец, пять образцов были идентифицированы как положительные образцы. Затем положительные образцы были проверены молекулярными методами. В связи с этим все четыре праймера RT-LAMP (т. е. F3, B3, FIP и BIP) вместе с праймерами RT-PCR (F и B) были выбраны на основе гена белка оболочки (CP) генома PVY. Несмотря на то, что анализы DAS-ELISA, RT-PCR и RT-LAMP могли успешно обнаруживать положительные образцы инфицированных растений, учитывая время, безопасность, чувствительность, стоимость и простоту, последний был в целом лучше. Кроме того, результаты показали, что анализ RT-LAMP был в 100 раз чувствительнее и в 3 раза быстрее по сравнению с RT-PCR. Анализ LAMP проводился в водяной бане, свободной от любого термоциклера или сложного лабораторного оборудования. Между тем, среди шести различных визуальных красителей для точного обнаружения продуктов IC–RT-LAMP, гидроксинафтоловый синий, GeneFinder ^TM и SYBR Green I могли производить длительное стабильное изменение цвета и яркости в закрытом подходе на основе пробирки для предотвращения риска перекрестного загрязнения, в конечном итоге признанные лучшими. Соответственно, мы предлагаем данный колориметрический анализ в качестве высоконадежной альтернативной системы распознавания вирусов в отношении распознавания PVY и, возможно, других вирусных заболеваний.