Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Характеристика ризобактерий, ассоциированных с томатами, выделенных из различных мест выращивания томатов в Тунисе

Нада Ухайби-Бен Абдельжалил, Джессика Валланс, Джонатан Гербор, Эмили Брюэ, Гильерме Мартинс, Патрис Рей и Меджда Даами-Ремади

В настоящем исследовании было получено в общей сложности 200 изолятов ризобактерий из ризосферы здоровых растений томата, выращенных на полях с историей тяжелых почвенных заболеваний, в основном гнилей корневой шейки и корней. При скрининге их способности подавлять рост in vitro Sclerotinia sclerotiorum и Rhizoctonia solani было показано, что 69 и 57 изолятов из 200 протестированных способны значительно подавлять рост мицелия целевых патогенов на 11–62% по сравнению с контролем. Были отобраны и подвергнуты морфологическим, биохимическим, молекулярным и метаболическим характеристикам 25 наиболее эффективных изолятов, приводящих к подавлению обоих грибов более чем на 45% по сравнению с контролем. Эта коллекция ризобактерий, ассоциированных с томатами, продемонстрировала большое морфологическое и биохимическое разнообразие. Секвенирование генов 16S рРНК и rpoB привело к идентификации четырех родов, а именно Bacillus, Chryseobacterium, Enterobacter и Klebsiella. Наиболее часто встречающимися видами были B. amyloliquefaciens, B. thuringiensis, B. megaterium, B. subtilis, E. cloacae, C. jejuense и K. pneumoniae. Скрининг на предмет их свойств, способствующих росту растений, показал, что 20 изолятов способны продуцировать сидерофор, 18 имели солюбилизированный фосфат и 19 были способны синтезировать индол-3-уксусную кислоту (ИУК). ПЦР-амплификация генов биосинтеза липопептидов выявила наличие генов, кодирующих биосинтез фенгицина А и бацилломицина D, в 18 и 16 изолятах соответственно. Метаболическая характеристика, выполненная с использованием Biolog™ Ecoplates, показала, что ризобактерии, ассоциированные с томатами, проявляли большую метаболическую активность и могли использовать широкий спектр источников углерода с увеличением продолжительности инкубации. На основании их метаболических профилей эти изоляты ризобактерий были сгруппированы в восемь основных кластеров, полученных в разное время отбора проб (24, 48 и 120 ч инкубации). Было обнаружено, что средние значения развития цвета колодца (AWCD) положительно коррелируют с индексом разнообразия Шеннона.