Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

Биоинформационный подход к профилированию микробиома полости рта и кишечника при колите

Сэммед Н Мандапе

Достижения в области биоинформатики и высокопроизводительных технологий секвенирования значительно расширили наши возможности по исследованию микробиома человека. 16S рибосомальная РНК (рРНК) секвенируется для понимания таксономического состава микробиома человека. В этом исследовании биоинформатический анализ данных секвенирования 16S рРНК из больных (колит Крона (КК) или язвенный колит (ЯК)) и соседних здоровых образцов толстой кишки был выполнен с использованием количественного анализа микробной экологии (QIIME). Кроме того, учитывая расово-специфическую информацию для этих образцов, было проведено сравнение различий микробиома толстой кишки между афроамериканцами и европеоидами. В результате было охарактеризовано двести восемь различных видов бактерий. Однако только пятьдесят три бактерии были описаны на уровне видов. Доля невредных бактерий в образцах больных КК и ЯК отличалась от соседних здоровых образцов толстой кишки. Кроме того, в микробиоме больных образцов доминировали оральные бактерии, принадлежащие к Phyla Firmicutes (Streptococcus, Staphylococcus, Peptostreptococcus) и Fusobacteria (Fusobacterium). Результаты также показали различия в микробиоме между афроамериканцами и европеоидами, что указывает на потенциальную направленность исследований на различия в состоянии здоровья.