Журнал фармакогеномики и фармакопротеомики

Абстрактный

Помимо SNP и CNV: фармакогеномика полиморфных тандемных повторов

Евгений Крынецкий

Полиморфные короткие тандемные повторы (STR) появились как отдельный класс генетических мутаций, которые вместе с однонуклеотидными полиморфизмами (SNP) и вариациями числа копий (CNV) могут объяснить изменчивость в ответ на фармакотерапию. STR привлекают интерес к исследованиям фармакогеномики из-за их распространенности в геноме человека и их предполагаемой функциональной роли в качестве регуляторов экспрессии генов. В зависимости от алгоритма поиска в эталонном геноме человека имеется приблизительно 700 000–1 000 000 локусов STR с мотивами длиной 2–6 п.н. STR неслучайно распределены по нетранслируемым областям (UTR), последовательностям, кодирующим белки, и интронам и чрезмерно представлены в промоторных областях генов человека. Функциональная роль STR была продемонстрирована с помощью эффектов на экспрессию генов, сплайсинг, последовательность белков и связь с патогенными эффектами. Внутренним свойством STR является высокая скорость мутации путем расширения или сокращения числа повторяющихся единиц. Изменение длины STR играет важную роль в модуляции экспрессии генов, и STR, вероятно, являются общими регуляторными элементами, которые ослабляют экспрессию нескольких генов. Выяснение эффектов STR на экспрессию генов может частично объяснить изменчивость реакции на лекарственные препараты, чего нельзя достичь, сосредоточив анализ исключительно на SNP или CNV. В этом обзоре суммируется роль полиморфных STR в клинических проявлениях, включая реакцию на фармакотерапию.