Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Попытка проверки биомаркеров кинезина, полученных с помощью поверхностной лазерной десорбционной ионизации и времени пролета, при злокачественной мезотелиоме

Стивен М. Бриндли, Брайан С. Тукер, Харви И. Пасс и Ли С. Ньюман

Времяпролетная масс-спектрометрия с поверхностной лазерной десорбцией/ионизацией (SELDI-TOF) позволяет исследователям искать в протеомах биомаркеры заболеваний. Проверка результатов SELDI-TOF с использованием традиционных методологий дала неоднозначные результаты. Анализы ПЦР в реальном времени, ИФА и вестерн-блоттинга использовались в попытке подтвердить связь между раковыми заболеваниями, связанными с асбестом, и белками семейства кинезинов, KIF5A и KIF18A. Эти белки были идентифицированы с помощью SELDI-TOF и анализа дерева классификации и регрессии (CART) в сыворотке пациентов с раковыми заболеваниями, связанными с асбестом. Когда хорошо охарактеризованные волокна асбеста использовались для проверки линий мезотелиальных клеток, наблюдались неоднозначные результаты в экспрессии РНК KIF5A и KIF18A. Вестерн-блот-анализ, сравнивающий уровни белка в клеточных линиях мезотелиомы с трансформированными мезотелиальными клетками, дал неубедительные результаты, как и вестерн-блот-анализы человеческой мезотелиомы и нераковой брюшины, которые были получены от тех же пациентов. Эти результаты предполагают, что белки семейства кинезинов, обнаруженные с помощью SELDI-TOF CART, вряд ли будут полезны в качестве биомаркеров злокачественной мезотелиомы.