Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Анализ палиндромов и частот n-ных трактов, обнаруженных в геномной последовательности

Дэн Офир

Мотивация к исследованию n-нарных и палиндромных трактов возникла после открытия Чаргаффом и его коллегами чрезмерного представительства определенных бинарных трактов ДНК в геномах. Они исследовали частоты различных тернарных трактов в различных местах в генах различных видов. Текущее исследование дополнительно изучает тернарные тракты, и палиндромы в дальнейшем будут называться обозначенными трактами. Имеет ли обозначенный тракт какие-либо необычные частоты длины и местоположения? Был проведен теоретический математический анализ для анализа количества обозначенных трактов в соответствии с частотами его отдельных элементов. Обозначенные тракты классифицируются в соответствии с теми, которые имеют смешанные элементы из подмножества набора, составляющего последовательность, и в соответствии с которыми состоят из длинного тракта более низкого n-нарного порядка. Например, анализ трактов исследует, вызваны ли особые явления тернарным трактом или длинным бинарным трактом, который включен в него. Максимальный порядок n-нарных трактов, представляющих интерес в геноме, равен трем (троичный); четыре — это весь ген. Однако более высокий порядок n-нарных трактов представляет интерес в других областях, таких как «Теория надежности». Поэтому здесь представлена ​​общая формулировка и обработка обозначенных трактов, а также продемонстрирована для геномных аспектов, которые были тщательно исследованы в течение двух последних десятилетий.