Журнал патологии растений и микробиологии

Абстрактный

Амплификация, клонирование и прогнозирование in silico полной длины гена элиситина из Phytophthora capsici, возбудителя гниения копытней черного перца

Виджеш Кумар И.П., Рина Н., Анандарадж М., Ипен С.Дж., Джонсон Г.К. и Винита К.Б.

Элиситины — это семейство небольших белков, секретируемых Phytophthora, которые вызывают некроз листьев у инфицированных растений. Здесь мы сообщаем о клонировании гена элиситина из P. capsici, патогена растений Oomycete, который наносит значительный ущерб широкому спектру растений-хозяев. Последовательность элиситина была амплифицирована с использованием праймеров, разработанных из известных генов элиситина других организмов Phytophthora на основе их консервативных мотивов. Размер амплифицированного продукта ПЦР длиной 256 п.н. и анализ секвенированного продукта BLAST показали идеальное совпадение с последовательностями альфа-элиситина P. capsici. Впоследствии была предпринята попытка охарактеризовать полный ген элиситина из информации о последовательности генома P. capsici, запросив амплифицированный продукт против генома. Локальный поиск BLAST против полного генома идентифицировал всю кодирующую последовательность. Дальнейший анализ последовательности идентифицировал последовательность промотора, сайт начала транскрипции, последовательность лидерного сигнала и основной домен элиситина с сохраненными 6 остатками цистеина. Кроме того, была смоделирована трехмерная структура капсицеина, а сродство связывания стерола и капсицеина было изучено с помощью молекулярного докинга. Разработанная модель предсказала сильное сродство связывания для Tyr 47.