Наследственная генетика: текущие исследования

Абстрактный

Активация ретротранспозонов группы Ty1-copia Dendrobium officinale в условиях абиотического стресса

Цун Ли, Юань Цзян, Яньхуэй Гао, Цзиньпин Си

Используя универсальный праймер Ty1-copia ретротранспозона обратной транскриптазы (RT), консервативный домен обратной транскриптазы размером около 260 п.н., который был индуцирован холодовым стрессом и осмотическим стрессом, был амплифицирован с помощью RTPCR из Dendrobium officinale в этом исследовании, что указывает на то, что ретротранспозон может быть активирован стрессовыми условиями. Ампликоны были извлечены и клонированы для секвенирования и анализа с помощью соответствующего программного обеспечения для биоинформатики. 78 Ty1-copia подобных ретротранспозонам RTs, транскрипционно активированных, были получены с высокой гетерогенностью. Длина этих последовательностей варьировалась от 245 до 265 п.н., все последовательности были богаты AT, а гомология варьировалась от 42,9% до 99,2%. То же самое с Ty1-copia подобно ретротранспозонной обратной транс ...иции. При трансляции в аминокислоты некоторые последовательности представили мутацию стоп-кодона или/и мутацию сдвига рамки считывания, и все последовательности представили мутацию в консервативной последовательности "SLYGKQ". Четыре категории были идентифицированы с помощью филогенетического анализа после анализа выравнивания их аминокислотных последовательностей, а также с обратной транскриптазой генома, подобной ретротранспозонной обратной транскрипции Ty1, имеющей низкую гомологию, что указывает на то, что транскрипционно активированная обратная транскриптаза ретротранспозонов Ty1-copia, которая индуцируется в условиях стресса, имеет значительные различия с обратной транскриптазой генома, подобной ретротранспозонной обратной транскрипции Ty1-copia.