Журнал бактериологии и паразитологии

Абстрактный

Сравнение Mycobacterium tuberculosis , Mycobacterium leprae и Mycobacterium smegmatis на системном уровне на основе анализа сети функционального взаимодействия

Ричард О Акинола, Гастон К. Мазанду и Никола Дж. Малдер

Mycobacterium leprae — патогенная бактерия, вызывающая проказу, заболевание, которое поражает в основном кожу, периферические нервы, глаза и слизистую оболочку верхних дыхательных путей. Несмотря на значительный прогресс, достигнутый за последние несколько лет в борьбе с этой болезнью с помощью стратегии многокомпонентной лекарственной терапии (МЛТ), каждый год регистрируются новые случаи заболевания. По данным Всемирной организации здравоохранения, на начало 2011 года было зарегистрировано 192 242 новых случая. Mycobacterium leprae нельзя культивировать в лабораторных условиях, но ее можно выращивать в подушечках лап мышей, а в последнее время — в девятиполосых броненосцах из-за ее восприимчивости к проказе. Ее сильно редуцированный геном делает ее интересным видом в качестве модели редукционной эволюции в пределах рода микобактерий; она имеет общего предка с Mycobacterium tuberculosis (MTB). Функциональная сеть для MTB была создана ранее, и были проведены обширные вычислительные анализы для выявления биологической организации организма на основе топологических свойств сети. Здесь мы используем геномные последовательности и функциональные данные из общедоступных баз данных для построения белковых функциональных сетей для другого медленно растущего организма, Mycobacterium leprae (MLP), и быстрорастущего непатогенного Mycobacterium smegmatis (MSM). Вместе с сетью MTB это дает возможность сравнить три микобактерии с геномами разного размера. В этой статье мы используем меры центральности сети для систематического сравнения MTB, MLP и MSM с целью количественной оценки различий между этими организмами на уровне системной биологии и для изучения биологии и эволюции сети.