Оливье Кроче, Франсуа Шевене и Ришар Кристен
Последовательности генов малой субъединицы рибосомальной РНК (SSU рРНК) в настоящее время широко используются для идентификации микробных организмов. Однако общедоступные базы данных в настоящее время содержат в основном последовательности генов рРНК, полученные в результате ПЦР и клонирования ДНК, выделенной из образцов окружающей среды. Большинство этих последовательностей плохо аннотированы и не имеют надлежащих таксономических назначений. В результате этот поток последовательностей часто делает рутинную идентификацию очень утомительной.
Мы предлагаем новый веб-сервер для быстрой и надежной идентификации микробных изолятов. Он позволяет извлекать связанные последовательности и их таксономии, чтобы приступить к филогенетическому анализу. Этот веб-инструмент основан на специальных базах данных культивируемых видов для бактерий, архей и простейших. Кроме того, можно загрузить различные данные, помогающие в процедуре идентификации. Сервер также включает онлайн-программное обеспечение для автоматического отображения аннотированных филогенетических деревьев.