Биохимия и аналитическая биохимия

Абстрактный

Общий рабочий процесс для аналитических данных биопроцессов: методы скрининга и выравнивания и анализ их влияния на многомерное моделирование

Раджаманикам В., Хервиг С. и Спадиут О.

Данные УФ-хроматографии в сочетании с многомерным анализом данных (MVDA) широко используются для мониторинга биопроцессов. Однако их обычно связывают со сдвигами по времени удерживания и требуют предварительной обработки. Неправильно выровненные данные УФ-хроматографии приводят к несогласованным моделям MVDA. Доступны многочисленные методы предварительной обработки, каждый из которых отличается количеством метапараметров для оптимизации, сложностью и временем вычислений. Поэтому мы стремились разработать общий рабочий процесс для скрининга методов предварительной обработки. Мы выбрали четыре набора данных с возрастающей сложностью, содержащие данные УФ-хроматографии из обращенно-фазовой и эксклюзионной хроматографии ВЭЖХ. Мы выровняли все четыре набора данных с помощью трех методов предварительной обработки, а именно алгоритмов icoshift, PAFFT и RAFFT. Мы выбрали несколько статистических инструментов для проверки производительности методов предварительной обработки и скрининга метапараметров. Мы проверили производительность методов предварительной обработки с точки зрения сохранения данных, сложности и времени вычислений и определили оптимальные диапазоны метапараметров для каждого набора данных. Наконец, мы создали модели анализа главных компонентов (PCA) для оценки выбранного метода выравнивания. Подводя итог, в этом исследовании был разработан общий рабочий процесс для проверки выравнивания хроматографических данных с использованием статистических инструментов.