Журнал микробных и биохимических технологий

Абстрактный

Профиль экспрессии генов в периферической крови при колоректальном раке

Чи-Шуань Хуан, Харн-Цзин Тернг, Ю-Чин Чжоу, Суй-Лунг Су, Ю-Тянь Чанг, Чин-Ю Чен, Воан-Джень Ли, Чунг-Тай Яо, Сю-Лин Чоу, Цзя-И Ли, Чиен-Ань Сун, Чинг-Хуан Лай, Лу Пай, Чи-Вэнь Чанг, Кан-Хва Чен, Томас Веттер, Юн-Вэнь Ши и Чи-Минг Чу

Предыстория: Была проведена оценка оптимальных молекулярных маркеров для обнаружения колоректального рака (КРР) в анализе на основе крови. Технология микрочипов продемонстрировала большой потенциал в исследовании колоректального рака. Гены, значительно связанные с раком в исследованиях микрочипов, были выбраны в качестве генов-кандидатов в исследовании. Объединение общедоступных наборов данных микрочипов в Интернете может преодолеть ограничение, связанное с небольшим количеством образцов в предыдущих исследованиях. Цель: Использование общедоступных наборов данных микрочипов проверяет профили экспрессии генов для колоректального рака. Методы: Был проведен логистический регрессионный анализ, и были определены отношения шансов для каждого гена между КРР и контрольными образцами. Публичные наборы данных микрочипов GSE 4107, 4183, 8671, 9348, 10961, 13067, 13294, 13471, 14333, 15960, 17538 и 18105 включали 519 случаев аденокарциномы и 88 контролей нормальной слизистой оболочки, которые использовались для проверки генов-кандидатов из логистических моделей и оценки их внешней общности. Результаты: 7-генная модель CPEB4, EIF2S3, MGC20553, MAS4A1, ANXA3, TNFAIP6 и IL2RB была попарно выбрана, что показало наилучшие результаты в логистическом регрессионном анализе (HL p=1,000, R2=0,951, AUC=0,999, точность=0,968, специфичность=0,966 и чувствительность=0,994). Выводы: Новый профиль экспрессии генов был связан с КРР и потенциально может быть применен к анализам обнаружения на основе крови.