Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Вычислительный подход к идентификации микроРНК в растениях: объединение прогнозов на основе генома с данными РНК-секвенирования

Хорхе С. Оливейра, Нуну Д. Мендес, Виктор Кароча, Клара Граса, Хорхе А. Пайва и Ана Т. Фрейтас

МикроРНК — это эндогенные молекулы, которые действуют путем подавления целевых матричных РНК и играют важную регуляторную роль во многих физиологических процессах как у растений, так и у животных. Здесь мы предлагаем конвейер, который использует CRAVELA, инструмент для поиска микроРНК в одном геноме, изначально разработанный для обнаружения микроРНК у животных, и алгоритм анализа данных NGS, который обеспечивает новую функцию оценки для оценки профиля экспрессии кандидатов, используя ожидаемое относительное обилие фрагментов РНК, происходящих из зрелой последовательности, по сравнению с другими частями предшественника микроРНК. Этот подход был протестирован на Eucalyptus spp., для которых, несмотря на их экономическую важность, не было задокументировано ни одной микроРНК. Результатом нашего подхода стал короткий список кандидатов, включающий как консервативные, так и неконсервативные последовательности. Экспериментальная проверка показала амплификацию у 6 из 8 кандидатов, выбранных из неконсервативных последовательностей с наилучшими оценками.