Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Сравнение белков и фенольных соединений в семенах ГМО и не ГМО сои

Савитири С. Натараджан*, Фарук Х. Хан, Давананд Л. Лутриа, Марк Л. Такер, QijianSong, Уэсли М. Гарретт

Соевый белок является ценным и важным компонентом в рационе человека и животных. Примерно 94% сои, выращиваемой в США, генетически модифицировано (ГМ) для повышения качества и производительности. Поскольку ценные признаки постоянно разрабатываются путем генетической модификации, важно определить, происходят ли какие-либо непреднамеренные изменения в семенах ГМ-сои. В этом исследовании мы выбрали три различные трансгенные линии, обозначенные как события 1, 2 и 3 с одной вставкой T-ДНК Agrobacterium tumefaciens, которая включала гены для селективного гена устойчивости к гербицидам (bar) и репортерного гена β-глюкуронидазы (GUS), экспрессируемого с использованием двойного промотора вируса мозаики цветной капусты 35S (CaMV) и промотора полигалактуроназы сои (Glyma12g01480) соответственно. Трансгенные линии и нетрансгенные Изолинии предшественника (контроль) использовались как для протеомного, так и для анализа фенольных соединений. Белки семян были разделены двумерным электрофорезом в полиакриламидном геле (2D-PAGE). Из приблизительно 1300 белковых пятен, обнаруженных на каждый белковый экстракт, 30 пятен были выбраны для дальнейшего анализа на основе различий, определяемых программным обеспечением (ANOVA) в их относительном содержании в белковых гелях для контроля и трех событий. Последующий статистический анализ после коррекции Бонферрони показал, что содержание только двух из тридцати белковых пятен значительно отличалось на уровне вероятности 1%. Два белковых пятна, изофлавонредуктаза и хининоксидоредуктазоподобный белок, в событии 2 значительно отличались от контроля и двух других трансгенных событий. Все тридцать белковых пятен были проанализированы и идентифицированы с помощью масс-спектрометрии (МС) с последующим поиском в базах данных NCBI с использованием Mascot поисковая система. В дополнение к белку, два класса фенольных соединений, изофлавоноиды и фенольные кислоты, были проанализированы с помощью LC-MS. Результаты не показали систематических различий в количестве или профиле для любого класса фенольных соединений в контроле или трех трансгенных событиях.