Журнал интеллектуального анализа данных в геномике и протеомике

Абстрактный

Исследование случая обнаружения нового вируса проказы цитрусовых цитоплазматического типа 2 с использованием библиотек малых РНК с помощью секвенирования следующего поколения и биоинформатического анализа

Авиджит Рой, Джонатан Шао, Джон С. Хартунг, Уильям Шнайдер и Р. Х. Брлански

Появление инновационной технологии секвенирования, называемой секвенированием «следующего поколения» (NGS), обеспечивает новый подход к идентификации «неизвестных известных» и «неизвестных неизвестных» вирусных патогенов без априорных знаний. Геномы вирусов растений можно быстро определить даже при их чрезвычайно низких титрах в инфицированном хозяине. Метод основан на массовом параллельном секвенировании популяции малых молекул РНК длиной 18-35 нуклеотидов, производимых защитой хозяина, подавляющей РНК. Улучшения в химии, биоинформатических инструментах и ​​достижения в области инженерии снизили стоимость NGS, повысили его доступность и сделали возможным его применение в области вирусологии растений. В этом обзоре мы обсуждаем использование платформы Illumina GA IIX в сочетании с применением молекулярной биологии и биоинформатических инструментов для открытия нового цитоплазматического вируса лепроза цитрусовых (CiLV). Этот новый вирус вызывал симптомы, типичные для CiLV, но не был обнаружен ни серологическими, ни ПЦР-анализами для ранее описанного вируса. Новый вирусный геном также присутствовал в низком титре в сладком апельсине (Citrus sinensis), важной садовой культуре с неполными геномными ресурсами. Это обычная ситуация в садоводческих исследованиях, и она является примером более широкой полезности этого подхода. Помимо открытия новых вирусов, данные о последовательностях могут быть полезны для изучения эволюции и экологии вирусов и взаимодействия между вирусными и транскриптомами хозяина.